Los genes que se encuentran en distinto cromosoma se heredan de forma independiente y por ello se llaman genes independientes. Pero, como el número de genes de un ser vivo es muchísimo mayor que el número de cromosomas, es lógico pensar que algunos genes se encuentren en el mismo cromosoma. A estos genes que aparecen juntos en el mismo cromosoma se los denomina genes ligados y, en general, se heredan juntos como una unidad. Por tanto, el modo de herencia de genes ligados es diferente y se reparten en la descendencia con proporciones distintas de las descritas por Mendel.
Un ejemplo especial de genes ligados lo constituyen los genes ligados al sexo, que son los que están en los cromosomas sexuales. Las diferencias en esta pareja de cromosomas hacen que puedan aparecer unos caracteres en un sexo y no en el otro.