Algunas plantas sintetizan sustancias como mecanismo de defensa frente a determinados organismos del entorno. Por ejemplo, la cafeína, la teína, la nicotina...
Las hormonas son producidas por células de diferentes zonas del vegetal, desde las que son transportadas por los vasos conductores hasta donde van a actuar. Su misión es muy variada: regulación del crecimiento, inducción de la floración, maduración de los frutos, caída de las hojas, etc.
Las plantas producen una gran variedad de hormonas. Las auxinas y giberelinas son las hormonas que promueven el crecimiento de la planta. Las citoquininas estimulan la división y la diferenciación celular.
El etileno, un gas, se sintetiza en situaciones de estrés y es responsable de la caída de las hojas, flores y frutos. También es la sustancia que provoca la maduración de los frutos. Como es altamente volátil, causa que, cuando en un cajón de manzanas verdes se pone una madura, todas las demás maduren.