La alianza entre los señoríos del norte para enfrentar a los incas terminó trágicamente en la batalla de Yaguarcocha, cuando los ejércitos de caranquis y cayambis fueron aniquilados y tiñeron las aguas de la laguna de sangre. Allí murió un gran número de hombres jóvenes. Tras la derrota, al menos 1000 familias cayambis fueron desterradas a la Sierra peruana para trabajar en plantaciones de coca, mientras familias cuzqueñas colonas o mitimaes se instalaron en la región para asegurar su pacificación. Muchos otros, para evitar el sometimiento a los incas, huyeron hacia las cejas de montaña, tanto al oeste como al este. Quedó muy poco de lo que habían sido los esplendorosos señoríos del norte ecuatoriano.