Tras el fusilamiento, el cadáver de Maximiliano de Habsburgo tuvo una curiosa historia: entre el 20 y el 27 de junio de 1867 fue entregado al doctor Licea en la ciudad de Querétaro para que lo embalsamara. El 9 de septiembre de aquel año, el gobierno juarista decidió trasladar el cuerpo a la Ciudad de México, donde nuevamente fue embalsamado por cuatro médicos locales.

Días más tarde -el 25 de septiembre, para ser exactos- Sebastián Lerdo de Tejada recibió una carta del canciller imperial pidiendo que se le entregaran los restos de Maximiliano, y en octubre de 1867 el almirante Tegethoff lo recibió en Veracruz.

El 16 de enero de 1868, la Novara llegó al puerto de Trieste con el cuerpo de Maximiliano; dos días después se celebraron en Viena las exequias de los restos mortales del emperador derrotado, los cuales se enterraron en las bóvedas subterráneas del convento de las Capuchinas, tumba de los miembros de la casa de Austria.

Carlota Amalia vivió muchos años más: la muerte la sorprendió el 17 de enero de 1929 y su funeral se realizó tres días más tarde en la parroquia de Meyse.