En el sexto nivel del Morro se han construido tres faros. El primero se construyó en 1846. El segundo faro sustituyó el original en 1876 y el tercero se construyó en 1899, debido a que el segundo se había averiado durante la Guerra Hispano-cubanonorteamericana. La base de este último faro se conservó y se utilizó para volver a edificar sobre ella el faro que observamos hoy día. Éste se construyó en 1906. El faro del Morro aún sirve de guía a las embarcaciones que entran en San Juan.